The focus shifts heavily to the history of Malware, a corrupted Galvanic Mechamorph who wants to destroy Azmuth and steal the Omnitrix.11. "Outbreak"12. "Many Happy Returns"13. "Gone Fishin'"14. "Blukic and Driba Go to Mr. Smoothy's"15. "Malefactor"16. "Arrested Development"17. "Bros in Space"18. "Ben Again"19. "Store 23"20. "Special Delivery" Arc 3: Incursean Invasion

| N.º | Título en Español | Estreno en EE. UU. | | :--- | :--- | :--- | | 30 | El día perfecto | 6 de abril de 2013 | | 31 | El Cruce | 13 de abril de 2013 | | 32 | Los Vengadores | 20 de abril de 2013 | | 33 | Clyde 5 | 27 de abril de 2013 | | 34 | Rook y la Mano | 5 de octubre de 2013 | | 35 | Bienvenidos al Apocalipsis | 12 de octubre de 2013 | | 36 | El Maletín | 19 de octubre de 2013 | | 37 | La Bruja | 26 de octubre de 2013 | | 38 | El Último Baile | 2 de noviembre de 2013 | | 39 | El Fin de una Era | 7 de diciembre de 2013 |

Algunos episodios especiales o clips extendidos se pueden encontrar de manera gratuita en los canales oficiales de la cadena.

– Rook invita a Ben a su planeta natal, Revonnah, durante la época de cosecha.

La trama se divide en dos líneas temporales:

Ben travels across dimensions, encountering alternative versions of himself, including a post-apocalyptic "Mad Max" style Ben and a pacifist Ben who never got the watch.61. "Clyde Five"62. "Rook Tales"63. "Charm School"64. "The Ballad of Mr. Baumann"65. "Fight at the Museum"66. "Breakst"67. "Most Dangerous Most Beautiful"68. "The Secret of Dos Santos"69. "Third Time's a Charm"70. "Final Countdown" Arc 8: The Time War

| N.º | Título en Español | Estreno en EE. UU. | | :--- | :--- | :--- | | 40 | Algo Zombozo se aproxima | 15 de febrero de 2014 | | 41 | Misterio incorpóreo | 15 de febrero de 2014 | | 42 | La venganza es mía | 22 de febrero de 2014 | | 43 | Un benlobo americano en Londres | 1 de marzo de 2014 | | 44 | Mis dos doctores | 8 de marzo de 2014 | | 45 | La fiesta de los Vreedle | 15 de marzo de 2014 | | 46 | Max y el Genio | 22 de marzo de 2014 | | 47 | La Libertad es un Lobo | 29 de marzo de 2014 | | 48 | Una Noche Muy Chachi | 5 de abril de 2014 | | 49 | Vilgax Ataca | 7 de octubre de 2014 |

Additionally, the series introduced the (the completed version) and the ability for Ben to transform into two aliens at once (Biomnitrix or fusions).

¿Recuerdas cuando Ben y Rook formaron equipo por primera vez? 🟢⚙️ Ben 10: Omniverse

– Un parásito alienígena toma el control de los cuerpos de los Fontaneros.

Ben, Rook y Rad Dudesman se adentran profundamente en el , una región oscura del espacio gobernada por criaturas basadas en los monstruos clásicos del cine de terror (vampiros, hombres lobo, momias). El villano principal de esta etapa es el regreso de Zs'Skayr (Fantasmático).

– Ben y Rook viajan de incógnito en una nave espacial capitaneada por el contrabandista Rad Dudesman.